mengapa sila pertama dalam piagam jakarta mengalami perubahan?

Karena mendapat pertentangan dari yg bukan Islam
Maaf kalau salah

Karena sila pertama merujuk pada satu agama saja, sementara di Indonesia ada beragam agama yang dianut.
Maka dari itu, diubah menjadi "Ketuhanan Yang Maha Esa" yang memiliki makna, bahwa seluruh bangsa Indonesia percaya Tuhan itu satu pada setiap agama yang dianut oleh bangsa Indonesia.